男子性功能障碍的总体治疗为长期持续性治疗，根据不同的基础病配合不同药物治疗，其他治疗主要是心理疗法，引导患者克服心理障碍。
一、一般治疗
对于不同的原发病进行药物治疗，原发病控制良好则可促进性功能的恢复。
二、药物治疗
1、睾酮：主要作用是促进睾丸的发育，从而提升雄性激素水平和精子水平。
2、甲状腺素：对于甲状腺功能低下的患者特别是甲状腺水平较低的患者有针对性的治疗。
3、二甲双胍：常用于糖尿病患者的血糖控制，对于由于糖尿病引起性功能障碍的患者有明显的改善作用。
4、辛伐他汀：主要适用于慢性心血管疾病特别是血脂较高的患者，有明显的降脂作用
5、非那雄胺：适用于前列腺炎、前列腺增生等慢性前列腺疾病的患者。
三、手术治疗
本病一般没有明确的手术指征，无特殊的手术治疗方式。
四、其他治疗
其他治疗主要是心理疗法，针对于部分长期性功能障碍的患者进行心理引导，使其正确看待性生活以及自身疾病，从而走向康复。
1、要求男女双方共同参与治疗：详细了解性生活不满意的原因，取得患者双方的理解和合作，有针对性地开展性教育，端正性态度。
2、学习技术：针对不同类型的患者，分别给予性交技术的指导。首先应交流性技术，以达到相互沟通和认同;其次是给予具体的性技术指导，性技术是以治疗、挽救家庭、提高性生活质量为目的。临床上常用的治疗方法是性感集中训练、系统脱敏疗法、放松及催眠疗法等。
3、家庭练习：在对患者进行性技术指导之后，常要求患者回家进行练习，练习的内容应循序渐进，避免急于求成，其目的是增加夫妻感情及掌握必要的性知识和技术。
